Table 2 Search text \(T =\) “CTATGTC%ATATGTTGGTC$” with its suffix array SA, Burrows-Wheeler transform BWT, bit vector B (for \(k=3\)), LF mapping and suffixes
From: Pan-genome de Bruijn graph using the bidirectional FM-index
\(i\) | \(T\) | \(SA\) | \(BWT\) | \(B\) | \(LF\) | \(T_{\textrm{SA}[i]}\) |
|---|---|---|---|---|---|---|
0 | C | 19 | C | 1 | 5 | $ |
1 | T | 7 | C | 1 | 6 | %ATATGTTGGTC$ |
2 | A | 8 | % | 1 | 1 | ATATGTTGGTC$ |
3 | T | 2 | T | 0 | 12 | ATGTC%ATATGTTGGTC$ |
4 | G | 10 | T | 0 | 13 | ATGTTGGTC$ |
5 | T | 18 | T | 0 | 14 | C$ |
6 | C | 6 | T | 0 | 15 | C%ATATGTTGGTC$ |
7 | % | 0 | $ | 1 | 0 | CTATGTC%ATATGTTGGTC$ |
8 | A | 15 | T | 1 | 16 | GGTC$ |
9 | T | 16 | G | 0 | 8 | GTC$ |
10 | A | 4 | T | 1 | 17 | GTC%ATATGTTGGTC$ |
11 | T | 12 | T | 0 (1) | 18 | GTTGGTC$ |
12 | G | 1 | C | 0 | 7 | TATGTC%ATATGTTGGTC$ |
13 | T | 9 | A | 0 (1) | 2 | TATGTTGGTC$ |
14 | T | 17 | G | 0 | 9 | TC$ |
15 | G | 5 | G | 0 | 10 | TC%ATATGTTGGTC$ |
16 | G | 14 | T | 0 (1) | 19 | TGGTC$ |
17 | T | 3 | A | 0 | 3 | TGTC%ATATGTTGGTC$ |
18 | C | 11 | A | 1 | 4 | TGTTGGTC$ |
19 | $ | 13 | G | 0 | 11 | TTGGTC$ |