Table 13 Minimum read lengths are required to achieve full sensitivity for a given number \(n_m\) of mismatches
Seed | w | \(n_m=2\) | \(n_m=3\) | \(n_m=4\) | \(n_m=5\) | \(n_m=6\) | \(n_m=7\) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
\(Q_1\) | 4 | 14 (5) | 16 (4) | 21 (5) | 24 (4) | 28 (4) | 30 (4) |
best | 11 | 14 | 17 | 20 | 23 | 26 | |
\(Q_2\) | 10 | 28 (13) | 37 (14) | 44 (12) | 52 | 58 | 65 |
best | 22 | 29 | 37 | 44 | 52 | 58 | |
\(P_1\) | 11 | 27 (12) | 40 (15) | 46 (13) | 51 | 62 | 68 |
\(P_2\) | 32 (16) | 37 (14) | 50 (14) | 58 | 63 | 72 | |
\(P_3\) | 31 (15) | 37 (14) | 48 (14) | 55 | 62 | 70 | |
\(P_4\) | 28 (13) | 38 (15) | 44 (12) | 52 | 60 | 68 | |
best | 23 | 31 | 40 | 46 | 56 | 62 | |
\(D_1\) | 12 | 33 (16) | 38 (15) | 51 (15) | 56 | 69 | 74 |
\(D_2\) | 31 (15) | 41 (16) | 49 (14) | 58 | 67 | 76 | |
\(D_3\) | 30 (15) | 39 (15) | 55 (16) | 60 | 66 | 77 | |
\(D_4\) | 33 (16) | 40 (15) | 56 (17) | 63 (16) | 68 (17) | 76 | |
best | 25 | 33 | 43 | 50 | 59 | 66 | |
\(S_3\) | 20 | 51 (28) | 76 (34) | 85 (31) | 95 (26) | 114 (27) | |
best | 39 | 48 | 64 | 76 | 91 | ||
\(B_1\) | 22 | 66 (38) | 88 (40) | 110 (44) | 132 (39) | 154 (38) | |
\(B_2\) | 49 (27) | 68 (31) | 80 (28) | 94 (26) | 111 (25) | ||
\(B_3\) | 55 (31) | 82 (38) | 90 (32) | 102 (28) | 127 (31) | ||
\(B_4\) | 51 (28) | 70 (31) | 88 (32) | 97 (27) | 112 (26) | ||
\(B_5\) | 54 (30) | 65 (29) | 82 (29) | 94 (26) | 110 (25) | ||
\(B_6\) | 49 (27) | 76 (34) | 84 (30) | 97 (27) | 119 (28) | ||
\(B_7\) | 54 (30) | 72 (32) | 89 (32) | 100 (27) | 116 (27) | ||
\(B_8\) | 58 (33) | 68 (31) | 91 (32) | 101 (27) | 117 (27) | ||
\(B_9\) | 54 (30) | 69 (31) | 90 (32) | 97 (27) | 111 (25) | ||
\(B_{10}\) | 55 (31) | 73 (32) | 88 (32) | 102 (28) | 113 (26) | ||
\(R_1\) | 54 (30) | 68 (31) | 85 (31) | 99 (27) | 112 (26) | ||
\(R_2\) | 54 (30) | 74 (32) | 86 (31) | 98 (27) | 117 (27) | ||
\(R_3\) | 50 (27) | 70 (31) | 81 (29) | 97 (27) | 114 (27) | ||
best | 42 | 52 | 68 | 82 | 97 | ||
\(S_1\) | 39 | 98 (61) | 121 (58) | 160 (69) | 176 (54) | ||
best | 67 | 83 | 100 | 132 | |||
\(S_6\) | 40 | 107 (68) | 131 (65) | 163 (72) | 179 (54) | ||
best | 68 | 86 | 101 | 134 | |||
\(S_5\) | 42 | 100 (62) | 149 (77) | 172 (76) | 189 (59) | ||
best | 70 | 91 | 105 | 138 | |||
\(S_2\) | 43 | 96 (60) | 123 (60) | 163 (72) | 180 (55) | ||
best | 72 | 92 | 107 | 140 | |||
\(S_4\) | 46 | 115 (74) | 151 (78) | 187 (82) | 223 (71) | ||
best | 78 | 97 | 114 | 153 |