|  | Traditional CV |  | Drug-wise CV |  | Pairwise CV |  | Time-slice CV | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Embedding | ML Model | AUPR | F1 | AUC | Â | AUPR | F1 | AUC | Â | AUPR | F1 | AUC | Â | AUPR | F1 | AUC |
RDF2Vec | Logistic Regression | 0.78 | 0.71 | 0.78 | Â | 0.76 | 0.69 | 0.76 | Â | 0.73 | 0.66 | 0.74 | Â | 0.75 | 0.68 | 0.76 |
CBOW | Naive Bayes | 0.68 | 0.63 | 0.70 | Â | 0.68 | 0.63 | 0.70 | Â | 0.68 | 0.63 | 0.70 | Â | 0.71 | 0.67 | 0.73 |
 | Random Forest | 0.92 | 0.85 | 0.92 |  | 0.79 | 0.69 | 0.78 |  | 0.75 | 0.64 | 0.74 |  | 0.80 | 0.69 | 0.80 |
RDF2Vec | Logistic Regression | 0.79 | 0.72 | 0.79 | Â | 0.77 | 0.70 | 0.77 | Â | 0.75 | 0.68 | 0.75 | Â | 0.76 | 0.69 | 0.76 |
SG | Naive Bayes | 0.76 | 0.68 | 0.74 | Â | 0.75 | 0.68 | 0.74 | Â | 0.75 | 0.67 | 0.73 | Â | 0.78 | 0.72 | 0.78 |
 | Random Forest | 0.92 | 0.85 | 0.93 |  | 0.81 | 0.71 | 0.80 |  | 0.76 | 0.63 | 0.75 |  | 0.80 | 0.68 | 0.80 |
TransE | Logistic Regression | 0.78 | 0.70 | 0.76 | Â | 0.73 | 0.67 | 0.73 | Â | 0.72 | 0.67 | 0.72 | Â | 0.75 | 0.68 | 0.76 |
 | Naive Bayes | 0.75 | 0.69 | 0.73 |  | 0.72 | 0.68 | 0.71 |  | 0.72 | 0.68 | 0.71 |  | 0.76 | 0.72 | 0.76 |
 | Random Forest | 0.90 | 0.83 | 0.91 |  | 0.76 | 0.69 | 0.77 |  | 0.73 | 0.64 | 0.73 |  | 0.77 | 0.65 | 0.78 |
TransD | Logistic Regression | 0.74 | 0.68 | 0.74 | Â | 0.74 | 0.67 | 0.74 | Â | 0.72 | 0.66 | 0.72 | Â | 0.74 | 0.70 | 0.75 |
 | Naive Bayes | 0.72 | 0.68 | 0.71 |  | 0.72 | 0.67 | 0.71 |  | 0.72 | 0.67 | 0.71 |  | 0.73 | 0.70 | 0.73 |
 | Random Forest | 0.91 | 0.84 | 0.91 |  | 0.77 | 0.69 | 0.77 |  | 0.73 | 0.64 | 0.73 |  | 0.78 | 0.68 | 0.78 |