Skip to main content

Table 1 Empirical type I error rates of eight GSA tests at α=0.05 for data of two biological conditions

From: Gene set analysis using sufficient dimension reduction

Sample size

 

I. Homogeneity

II.Heterogeneity

n

Methods

p=20

p=100

p=200

p=20

p=100

p=200

20

GSEA

0.112

0.108

0.096

0.142

0.096

0.102

 

GT

0.048

0.058

0.048

0.046

0.044

0.042

 

MVAT

0.058

0.074

0.048

0.038

0.052

0.048

 

PCOT

0.050

0.046

0.044

0.038

0.052

0.028

 

GSNCA

0.045

0.060

0.052

0.062

0.045

0.045

 

GSCA

0.042

0.076

0.066

0.048

0.046

0.046

 

SDR T

0.049

0.052

0.052

0.051

0.044

0.049

 

SDR V

0.049

0.062

0.056

0.048

0.044

0.049

40

GSEA

0.094

0.086

0.092

0.138

0.114

0.092

 

GT

0.054

0.044

0.044

0.058

0.050

0.042

 

MVAT

0.042

0.036

0.048

0.062

0.038

0.056

 

PCOT

0.056

0.058

0.058

0.046

0.064

0.056

 

GSNCA

0.050

0.038

0.062

0.042

0.041

0.050

 

GSCA

0.053

0.056

0.062

0.060

0.052

0.055

 

SDR T

0.043

0.048

0.046

0.055

0.037

0.047

 

SDR V

0.039

0.050

0.038

0.046

0.036

0.046

60

GSEA

0.138

0.112

0.090

0.136

0.114

0.098

 

GT

0.046

0.058

0.052

0.052

0.068

0.044

 

MVAT

0.052

0.062

0.050

0.042

0.048

0.038

 

PCOT

0.058

0.074

0.048

0.046

0.056

0.060

 

GSNCA

0.042

0.044

0.050

0.048

0.047

0.058

 

GSCA

0.049

0.064

0.044

0.056

0.061

0.067

 

SDR T

0.047

0.046

0.044

0.049

0.044

0.054

 

SDR V

0.055

0.040

0.040

0.050

0.051

0.055