From: Gene set analysis using sufficient dimension reduction
Sample size | Â | I. Homogeneity | II.Heterogeneity | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
n | Methods | p=20 | p=100 | p=200 | p=20 | p=100 | p=200 |
20 | GSEA | 0.112 | 0.108 | 0.096 | 0.142 | 0.096 | 0.102 |
 | GT | 0.048 | 0.058 | 0.048 | 0.046 | 0.044 | 0.042 |
 | MVAT | 0.058 | 0.074 | 0.048 | 0.038 | 0.052 | 0.048 |
 | PCOT | 0.050 | 0.046 | 0.044 | 0.038 | 0.052 | 0.028 |
 | GSNCA | 0.045 | 0.060 | 0.052 | 0.062 | 0.045 | 0.045 |
 | GSCA | 0.042 | 0.076 | 0.066 | 0.048 | 0.046 | 0.046 |
 | SDR T | 0.049 | 0.052 | 0.052 | 0.051 | 0.044 | 0.049 |
 | SDR V | 0.049 | 0.062 | 0.056 | 0.048 | 0.044 | 0.049 |
40 | GSEA | 0.094 | 0.086 | 0.092 | 0.138 | 0.114 | 0.092 |
 | GT | 0.054 | 0.044 | 0.044 | 0.058 | 0.050 | 0.042 |
 | MVAT | 0.042 | 0.036 | 0.048 | 0.062 | 0.038 | 0.056 |
 | PCOT | 0.056 | 0.058 | 0.058 | 0.046 | 0.064 | 0.056 |
 | GSNCA | 0.050 | 0.038 | 0.062 | 0.042 | 0.041 | 0.050 |
 | GSCA | 0.053 | 0.056 | 0.062 | 0.060 | 0.052 | 0.055 |
 | SDR T | 0.043 | 0.048 | 0.046 | 0.055 | 0.037 | 0.047 |
 | SDR V | 0.039 | 0.050 | 0.038 | 0.046 | 0.036 | 0.046 |
60 | GSEA | 0.138 | 0.112 | 0.090 | 0.136 | 0.114 | 0.098 |
 | GT | 0.046 | 0.058 | 0.052 | 0.052 | 0.068 | 0.044 |
 | MVAT | 0.052 | 0.062 | 0.050 | 0.042 | 0.048 | 0.038 |
 | PCOT | 0.058 | 0.074 | 0.048 | 0.046 | 0.056 | 0.060 |
 | GSNCA | 0.042 | 0.044 | 0.050 | 0.048 | 0.047 | 0.058 |
 | GSCA | 0.049 | 0.064 | 0.044 | 0.056 | 0.061 | 0.067 |
 | SDR T | 0.047 | 0.046 | 0.044 | 0.049 | 0.044 | 0.054 |
 | SDR V | 0.055 | 0.040 | 0.040 | 0.050 | 0.051 | 0.055 |