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Table 2 Actual and predicted motif begin locations

From: rMotifGen: random motif generator for DNA and protein sequences

SEQ. NUMBER

Motif 1

Motif 2

Motif 3

Motif 4

Motif 5

Motif 6

 

R

M

G

R

M

G

R

M

G

R

M

G

R

M

G

R

M

G

1

85

85

85

263

--

--

164

--

--

33

33

33

--

--

--

215

215

--

2

290

290

290

129

--

--

106

--

--

36

36

36

461

461

464

195

195

--

3

332

332

332

286

--

--

203

--

--

--

--

--

354

354

357

93

93

--

4

20

20

20

112

--

--

74

--

--

--

--

--

378

378

381

239

239

--

5

150

150

150

26

--

--

133

--

--

--

--

--

--

--

--

170

170

--

6

187

187

187

17

--

--

455

--

--

247

247

247

473

473

476

413

291

--

7

334

334

334

461

--

--

488

--

--

--

--

--

394

394

397

80

80

--

8

259

259

259

396

--

--

163

--

--

--

--

--

70

70

73

445

445

--

9

197

197

197

330

--

--

480

--

--

443

443

443

314

314

317

397

397

--

10

359

359

359

51

--

--

337

--

--

108

108

108

31

31

34

141

141

--

  1. R: rMotifGen randomly assigned motifs; M: MEME assigned motifs; G: Gibbs Sampler assigned motifs. Each of the start positions have been modified so that each sequence begins at 0, to comply with rMotifGen. Sites incorrectly found are listed in a bold, italic font. This includes the motif 5 positions found by the Gibbs Sampler which are offset by three bases