Quantitative prediction of mouse class I MHC peptide binding affinity using support vector machine regression (SVR) models

Table 3 The scores used in the 11-factor encoding for the 20 amino acids, after scaling to the range [0, 1].

Amino Acid	Steric parameter	Hydrogen bond donors	Hydropho-bicity scale	Hydrophi-licity scale	Average accessible surface area	van der Waals parameter R0	van der Waals parameter epsilon	Free energy of solution in water	Average side chain orientation angle	Polarity	Isoelectric point
A	0.510	0.169	0.471	0.279	0.141	0.294	0.000	0.262	0.512	0.000	0.404
R	0.667	0.726	0.321	1.000	0.905	0.529	0.327	0.169	0.372	1.000	1.000
N	0.745	0.390	0.164	0.658	0.510	0.235	0.140	0.313	0.116	0.065	0.330
D	0.745	0.304	0.021	0.793	0.515	0.235	0.140	0.601	0.140	0.956	0.000
C	0.608	0.314	0.760	0.072	0.000	0.559	0.140	0.947	0.907	0.028	0.285
Q	0.667	0.531	0.178	0.649	0.608	0.529	0.140	0.416	0.023	0.068	0.360
E	0.667	0.482	0.092	0.883	0.602	0.529	0.140	0.561	0.163	0.960	0.056
G	0.000	0.000	0.275	0.189	0.103	0.000	0.000	0.240	0.581	0.000	0.401
H	0.686	0.554	0.326	0.468	0.402	0.529	0.140	0.313	0.581	0.992	0.603
I	1.000	0.650	1.000	0.000	0.083	0.824	0.308	0.424	0.930	0.003	0.407
L	0.961	0.650	0.734	0.081	0.138	0.824	0.308	0.463	0.907	0.003	0.402
K	0.667	0.692	0.000	0.568	1.000	0.529	0.327	0.313	0.000	0.952	0.872
M	0.765	0.612	0.603	0.171	0.206	0.765	0.308	0.405	0.814	0.028	0.372
F	0.686	0.772	0.665	0.000	0.114	0.853	0.682	0.462	1.000	0.007	0.339
P	0.353	0.372	0.012	0.198	0.411	0.588	0.271	0.000	0.302	0.030	0.442
S	0.520	0.172	0.155	0.477	0.303	0.206	0.000	0.240	0.419	0.032	0.364
T	0.490	0.349	0.256	0.523	0.337	0.235	0.140	0.313	0.419	0.032	0.362
W	0.686	1.000	0.681	0.207	0.219	1.000	1.000	0.537	0.674	0.040	0.390
Y	0.686	0.796	0.591	0.477	0.454	0.853	0.682	1.000	0.419	0.031	0.362
V	0.745	0.487	0.859	0.036	0.094	0.647	0.234	0.369	0.674	0.003	0.399

ISSN: 1471-2105