Skip to main content

Table 3 The 20 clusters and their corresponding physicochemical and biochemical properties in the AAindex database

From: Predicting and analyzing DNA-binding domains using a systematic approach to identifying a set of informative physicochemical and biochemical properties

Cluster

No.

The label of 531 physicochemical and biochemical properties

C1

2

P: 118 O: 156

C2

2

P: 504 505

C3

6

H: 10 11 446 447 448 449

C4

3

P: 9 112 150

C5

4

C: 116 H: 34 127 P: 117

C6

6

A: 313 H: 129 145 364 P: 177 O: 312

C7

147

A: 19 25 49 50 52 74 166 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 274 286 287 288 289 290 291 292293 294 295 296 341 346 347 348 350 351 359 362 376 392 424 454 455487 524

B: 20 196 221 275 276 277 278 279

C: 30 134

H: 8 14 35 36 57 68 71 85 88 89 113 115 131 146 149 151 152 153 198 210 213 215 220 239 240 249 271 272273 283 284 285 314 317 318 320 340 356 360 365 377 378 379 380 381 386 387 389 390 435 438 439 476 484 489 490 503 507 509 510 511 512 513 514 516 518 520 525 526 527 528 529 531

P: 22 159 214 216 217 280 281 282 316 361 397 485 486 488

O: 51 250 385

C8

3

P: 65 135 517

C9

132

A: 5 7 24 37 40 44 47 48 53 62 93 104 105 107 121 122 124 162 165 176 188 227 228 229 230 235 236 237 238 255 303 309 334 335 337 338 345 367 369 375 413 417 418 420 428 429 430 432 433 436 498

B: 106

C: 31 144

H: 6 41 86 87 92 94 95 110 114 125 142 143 182 183 297 298 299 300 302 325 326 327 354 355 357 371 373 384 403 404 405 406 407 408 421 422 425 427 431 453 482 491 492 493 494 496 497 499 506 530

P: 15 28 59 219 383 391

O: 21 27 43 79 123 126 173 174 175 251 301 305 308 322 323 324 336 370 372 374 409 419

C10

123

A: 38 42 60 91 97 98 99 100 119 138 140 160 163 171 186 223 224 231 253 256 307 311 328 330 331 333 339 342 349 363 366 410 411 412 414 415 416 426

B: 39 45 46 61 101 102 103 120 139 141 161 164 167 168 169 172 187 218 225 226 232 234 254 257 310 343 344 368 445 495

C: 190 304

H: 2 3 4 23 54 55 56 58 66 67 69 70 76 77 108 130 132 133 192 194 201 211 212233 243 315 321 329 332 352 358 398 477 478 480 481 508 515 519 521 522 523

P: 26 29 78 82 96 154 157 473 479

O: 306 437

C11

6

P: 32 72 109 353 474 475

C12

2

H: 128 483

C13

1

C: 137

C14

15

H: 170 241 244 245 246 393 395 396 400 402 423 444

P: 399 502

O: 84

C15

1

H: 73

C16

43

A: 18

C: 64 136 189 191 193 195 197 199 200 202 203 204 205 206 207 208 209 440 441 442 443 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472

H: 147 148 222 252

C17

3

H: 450 451 452

C18

28

A: 16 90

H: 12 13 111 178 179 180 181 185 242 247 248 382 388 394 401 500 501

P: 1 17 63 80 81 83 158 434

O: 75

C19

2

H: 184

O: 155

C20

2

P: 33 319

  1. A: Alpha and turn propensities. B: Beta propensity. C: Composition. H: Hydrophobicity. P: Physicochemical properties. O: Other properties.
Back to article page

BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

Contact us