Robust joint analysis allowing for model uncertainty in two-stage genetic association studies

BMC Bioinformatics

Table 5 Power comparison for MAF = 0.45 (K = 0.1, α = 0.05, m = 5 × 10⁵)

	π	γ	ALLEJ	CATAJ	MERTJ	MAX3J
Recessive Model	0.5	0.0001	0.282	0.253	0.263	0.542
r = s = 2000		0.0002	0.308	0.277	0.288	0.572
λ₁ = 1, λ₂ = 1.5	0.4	0.0001	0.199	0.178	0.184	0.380
		0.0002	0.231	0.207	0.215	0.442
	0.3	0.0001	0.114	0.101	0.104	0.220
		0.0002	0.142	0.127	0.131	0.263
Additive Model	0.5	0.0001	0.886	0.896	0.894	0.854
r = s = 2000		0.0002	0.912	0.921	0.919	0.881
λ₁ = 1.4, λ₂ = 1.8	0.4	0.0001	0.753	0.767	0.765	0.701
		0.0002	0.803	0.815	0.813	0.760
	0.3	0.0001	0.529	0.543	0.542	0.473
		0.0002	0.597	0.610	0.609	0.545
Dominant Model	0.5	0.0001	0.279	0.317	0.302	0.590
r = s = 2000		0.0002	0.305	0.346	0.329	0.626
λ₁ = λ₂ = 1.5	0.4	0.0001	0.197	0.225	0.214	0.428
		0.0002	0.229	0.260	0.248	0.483
	0.3	0.0001	0.112	0.128	0.123	0.241
		0.0002	0.140	0.160	0.153	0.291

ISSN: 1471-2105